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五岁的男孩宗介，住在海边悬崖上的一栋小房子里。他每天最大的乐趣，就是趴在阳台上，用望远镜眺望远处的大海。这一天，海面上突然翻起一阵怪异的浪花，宗介还没来得及反应，一个巨大的红色影子就从水里冲了出来——那是一只被玻璃瓶卡住脑袋的小金鱼。宗介赶紧跑下沙滩，砸碎瓶子，把小鱼救了出来。小鱼的手指被玻璃划破了，宗介伸出舌头舔了舔她的伤口，神奇的是，伤口立刻就愈合了。更让人惊讶的是，这条小鱼竟然能开口说话，她瞪着圆溜溜的眼睛，用稚嫩的声音告诉宗介，她叫波妞，是一条金鱼公主。波妞的父亲藤本，曾经是人类，现在成了海底的魔法师。他极其厌恶人类世界的肮脏和混乱，所以把两个女儿都关在珊瑚做的水泡里，严禁她们接触人类世界。波妞因为好奇，偷偷溜出来玩，这才被卷进了玻璃瓶。发现女儿失踪的藤本大发雷霆，派出了由无数透明小水母组成的“黑暗之海”去追捕波妞。与此同时，宗介已经把波妞带回了家，养在一个绿色的小水桶里。宗介的妈妈理莎在养老院工作，是个性格爽朗的年轻女人，她看到这条会说话的小金鱼，虽然吓了一跳，但很快就接受了，还叮嘱宗介要好好照顾她。波妞对人类世界充满好奇，她吃宗介递来的火腿，开心得在桶里翻跟头。宗介告诉她，波妞这个词用人类的语言念出来，就是爱和关心的意思。波妞学着宗介说话，用含混的语调一遍一遍重复“波妞喜欢宗介”，两个小家伙之间的友谊，就这么简单又纯粹地建立起来了。可好景不长，那天夜里，藤本乘坐着巨大的黑色漩涡抵达了悬崖下，他变成一只巨大的怪鸟，冲到宗介家的阳台上，夺走了小水桶里的波妞。宗介拼命抓住水桶，却被藤本用魔法震开，眼睁睁看着波妞被带走，消失在海浪里。波妞被带回海底深处的魔法宫殿。藤本把她关进密闭的水泡里，准备带她回深海牢笼。波妞拼命反抗，她不愿意回到那个无聊的世界。她想起了宗介，想起了火腿的味道，想起了那个温暖的怀抱。在绝望中，波妞的身体突然爆发出强烈的光芒，她踩过父亲的脸......
