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这四只正值青春期的乌龟少年，每天躲在下水道里，最渴望的一件事，就是能像普通人类一样，被地面上的纽约市民接纳。可现实是，只要他们一露头，换来的就是尖叫和逃跑。他们心里那个憋屈啊，就想做点好事，可这副模样，连送个外卖都会被当成怪物。直到有一天，一个机会摆在了面前——只要他们能捣毁一个神秘的犯罪集团，或许就能改变这一切。故事开始，我们的四位主角——莱昂纳多、拉斐尔、米开朗基罗和多纳泰罗，正躲在下水道里过着与世隔绝的日子。他们的师父斯普林特是一只老鼠，也是将他们抚养长大的父亲。斯普林特从小就教导他们，人类世界很危险，绝对不能暴露真身。可青春期的叛逆加上对人类世界的好奇，让这几只小乌龟总想偷偷溜到地面上去。这天，米开朗基罗捡到了一部手机，屏幕上正播放着一段视频。视频里，一个叫超级苍蝇的巨型苍蝇怪物，正带着一群变种生物，在街头制造混乱。超级苍蝇手下有犀牛、河马等一群凶猛的变种人，他们四处抢劫，耀武扬威，搞得整个纽约人心惶惶。但让四只小乌龟感到意外的是，人类竟然对那些变种怪物感到恐惧，而他们自己，同样因为长相而被视为异类。莱昂纳多觉得这是个千载难逢的机会。如果四兄弟能抓住超级苍蝇，让人类知道他们也是英雄，那是不是就能被接纳了？这个想法立刻点燃了其他三兄弟的热情。说干就干，他们决定主动出击，找到超级苍蝇的老巢。可问题来了，他们连超级苍蝇在哪都不知道。幸运的是，多纳泰罗通过追踪网络信号，发现了一个线索——最近频繁出现在犯罪现场的一个人类女孩，艾普丽尔。这个高中生记者一直在跟踪报道变种人的新闻，说不定她知道些什么。四只乌龟决定偷偷接近艾普丽尔，希望能得到帮助。艾普丽尔刚开始看到这四只会说话的乌龟时，差点没吓晕过去。但很快，她就发现这些家伙虽然长相吓人，实际却是一群热心肠又笨拙的少年。尤其是当他们帮她从一个犯罪现场捡回被抢走的相机时，艾普丽尔开始信任他们了。艾普丽尔告诉他们，......
